Como usar as legendas? Eu indico o programa BSPlayer, ele apresenta a legenda junto com o vídeo. Basta que ambos tenham o mesmo nome, diferenciando apenas obviamente a extensão.

Fora de sincronia? A sincronia nunca está "incorreta", e sim o arquivo e vídeo que você pegou não é o mesmo usado para criar a legenda. Use o Subtitle Workshop para tentar ajustar. Quem sabe usar bem esse programa, favor me enviar pela sessão Contato os passos de uso.

Em breve, mais dicas e links!